ارجاع پرونده‌ها به این مجتمع از طریق دفاتر خدمات قضایی صورت می‌گیرد و افرادی که تمایل به استفاده از خدمات مجتمع حل اختلاف دانش‌بنیان و نخبگان را دارند، از طریق مراجعه به دفاتر خدمات قضایی می‌توانند درخواست‌ها و دادخواست‌های خود را به‌منظور رسیدگی ارجاع نمایند.
همچنین در راستای صلح و سازش در دعاوی، نیز علاوه بر مراجعه در چاچوب توافق طرفین اختلاف، امکان ارجاع از دادگستری به این مجتمع وجود دارد.
به‌طور مشخص مجتمع حل اختلاف تخصصی شرکت‌های دانش‌بنیان و نخبگان علاوه بر صلاحیت‌های پیش‌بینی شده در قوانین مرتبط، درصدد حل اختلافات مرتبط با انعقاد، اعتبار، فسخ، نقض، تفسیر یا اجرای قراردادهای اشخاص حقیقی و حقوقی فعال در حوزه‌های فناورانه و دانش‌بنیان کشور است.
